Im Mai des Jahres 1246 schenkte Ritter UIlrich von Liebenberg dem Deutschen Orden seine Burg und seinen Hof in Beuggen, wie auch die dazugehörige Pfarrkirche. Hierzu überließ er ihm auch den Hollwangerhof und die Pfarrei Nollingen. Die einzige Bedingung, die der Stifter stellte, war die Unveräußerlichkeit seiner Schenkung. Schon ein Jahr später, zählte der Kommendenkonvent nicht weniger als zehn Mitglieder, nämlich acht Ritter- und zwei Priesterbrüder. Eine Zahl, die sich bis etwa 1257 hielt, dann stieg die Zahl der Konventsherren sogar auf zwölf und zur Wende aufs 15. Jahrhundert sogar auf vierzehn. Nachdem wir erstmals 1297 und 1325 von Schulden der Kommende hören, wurden am 15. Mai 1331 die Schwestern des Konventes Hitzkirch nach Beuggen versetzt, wo er jedoch bereits 1391 nicht mehr bezeugt ist. 1414 baute man eine Schule, die möglicherweise von den vier Ordenspriestern der Kommende betreut wurde. In diesem Jahr beherbergte die Kommende zudem einen Pfründner und zwei Pfründnerinnern, eine Institution welche uns hier erstmals 1286 begegnete. Auf das Haus des ersten Pfründners geht möglicherweise die spätere Firmarie zurück. In den frühen Jahren konnte die Kommende zahlreiche Schenkungen verbuchen. So bereits 1247 den Hof zu Untermettingen mit allen Einkünften und Leibeigenen, 1264 der halbe Hof zu Birndorf und dortige Pfarrei, 1269 die Pfarrei Lengnau. Überhaupt gelangten nicht weniger als dreizehn Pfarreien durch Schenkung und Kauf in den Besitz der Kommende. Bis zum 15. Jahrhundert war sie zudem auch im Besitz von Zwing, Bann und Niedergerichtsbarkeit in Beuggen, Karsau, Riedmatt und Lengnau. Hierzu traten noch Fischereirechte im Rhein und den nicht schiffbaren Gewässern der Umgebung. Das frühe 15. Jahrhundert war die Blütezeit der Kommende. So sind zu dieser Zeit nicht nur die Hausämter des Tresslers, Küsters, Hofmeisters und Kellermeisters belegt, sondern für das Jahr 1414 ein wirtschaftlicher Reingewinn von 2.642 Gulden. 1410/11 umfasste der Konvent acht Ritter- und sechs Priesterbrüder.
Gottfiried (1246) ?
H. von Bermatingen (1256/57)
Reinlohe von Stolzheim (1266 - ? )
Rudolf von Yberg (erw. 1269)
Ulrich von Klingen (1271-1276)
Konrad von Hagenbach (1285)
Ulrich von Jestetten (1286-?)
Eberhard von Sulzberg (1284-n. 1298)
Albert von Klingenbegr (1299—n.1301)
Bertold von Buchegg (1305-n. 1311)
Peter von Stoffeln (1316-n. 1331)
Heinrich von Biengen (1334-n.. 1336)
Andreas von Hergheim (1345)
Johann von Rotenstein (1347-1350)
Heinrich von Ringgenberg
Mangold von Brandis (erw. 1358)
Johann von Rotenstein (1361)
Jakob von Reinach (erw. 1369)
Bertold von Dankretsweiler (erw.1370)
Franz Senno (1372-1373)
Arnold Schaler (1373)
Dietrich von Venningen (1374)
Vinzenz von Bubenberg (erw. 1380)
Heinrich von Schletten (1384-1386)
Vinzenz von Bubenberg (erw. 1388)
Rudolf von Randegg (erw. 1391)
Marquard von Baden (1394-1413)
Stephan Ströwin (1408)
Andreas von Mörsberg (1416-1419)
Panthaleon von Heidegg (1422-1430)
Burkard von Schellenberg (1428-n. 1443)