Die Kommende entstand in der Mitte des 13. Jahrhunderts. In Abhängigkeit zur Kommende Donauwörth stehend, bestätigte ihr der Kardinallegat Petrus von S. Georgii 1254 den Besitz der Pfarrkirche zu Lauterbach. Diese hatte sie durch Kaiser Friedrich II. als Schenkung erhalten. Die Kommende, welche auch ein Spital besaß, erhielt einzig ein Lehen zu Oberthürheim als ausdrückliche Stiftung. Letztmalig finden wir 1310 die Erwähnung eines Komturs für Lauterbach, wo es noch 1334 einen Konvent gab. Möglicherweise waren Lauterbach und Donauwörth ein Doppelkonvent, dessen Sitz 1332 nach Donauwörth verlegt wurde, denn in diesem Jahr zog Heinrich von Zipplingen mit zehn Ordensbrüdern nach Donauwörth um.